「勤怠管理は誰の仕事なのか」－この問いに対して、明確に答えられる企業は意外と少ないのではないでしょうか。打刻漏れ、申請忘れ、承認の滞留、締め日の遅延。こうしたトラブルの多くは、責任の所在が曖昧なまま運用が進んでいることに起因しています。

法的な責任は誰にあるのか、部門ごとにどう役割を分けるべきか、そして日々の連携フローをどう設計すれば回る仕組みになるのか。実務の現場で使える形にまとめました。

勤怠管理の責任は「会社」にある｜人事だけの仕事ではない理由

勤怠管理は「人事部の業務」と捉えられがちですが、法律上の最終責任を負うのは会社（使用者）です。なぜ人事だけに任せていては運用が破綻するのか、法令と実務の両面から確認しておきましょう。

法律上の責任は「使用者」にあるから

労働基準法では、休憩時間を除いて「1日8時間・週40時間」を超えて労働させてはならないと定められています（労働基準法 第32条）。休憩の付与（第34条）、毎週1日以上の休日の確保（第35条）、時間外労働を行う場合の36協定の締結・届出（第36条）も、いずれも「使用者」の義務です。

出典：労働基準法

さらに、労働安全衛生法では、長時間労働者への面接指導を実施するために、事業者が労働時間の状況を把握しなければならないと規定されています（労働安全衛生法 第66条の8の3）。把握方法はタイムカードやPCの使用時間など客観的な手段が原則で、記録の保存期間は労働安全衛生規則上3年間（労働安全衛生規則 第52条の7の3）、労働基準法上は原則5年間（経過措置で当分の間3年間）とされています。

出典：労働安全衛生法

ここで押さえておきたいのは、労働基準法上の「使用者」とは、事業主だけを指すわけではないという点です。「事業主のために労働者に関する事項について行為をするすべての者」が使用者に含まれると定義されています（労働基準法 第10条）。つまり、勤怠の承認や労務管理に関わる管理職も、法的な責任の一端を担い得る立場にあるのです。

現場のデータを人事だけでは管理しきれないから

法的責任が会社にあるとはいえ、実務を人事部門だけで完結させるのは現実的ではありません。勤怠データの発生源は「現場」にあるからです。

社員が何時に出勤し、何時に退勤したのか。直行直帰や在宅勤務はあったのか。残業申請は事前に出ていたのか。こうした情報を最も正確に把握できるのは、一緒に働いている現場のマネージャーです。人事部門がオフィスから全社員の勤務実態を逐一確認することには限界があります。

加えて、勤怠データは給与計算の基礎にもなるため、経理部門の関与も不可欠です。システムの権限管理やログの保全にはIT部門の協力が求められ、社内への運用ルールの浸透には総務部門が動く場面もあります。

結局のところ、勤怠管理がうまく回っている組織は、経営が方針と責任を明確にし、人事労務が制度を設計し、マネージャーが品質を担保し、社員が正しくデータを作成し、経理・IT・総務がそれぞれの領域で支えるという形に整理されています。「誰か一人の仕事」ではなく、「全社で分担して回す仕組み」が前提になっているのです。

勤怠管理で守るべき法令とルールの基本

勤怠管理の役割分担を考える前に、そもそも何を守るために管理するのかを押さえておく必要があります。「給与計算の素材を集めるだけ」という認識のままでは、法令対応や監査への備えが抜け落ちてしまいます。

労働時間・休憩・休日・36協定の枠組み

勤怠管理の土台となるのは、労働基準法が定める労働時間・休憩・休日のルールです。

法定労働時間は原則として1日8時間・週40時間以内であり、これを超えて働かせるには、労使間で36協定を締結し、労働基準監督署に届け出る必要があります。36協定を結んでいても、時間外労働には上限があり、原則として月45時間・年360時間が限度です。

休憩については、労働時間が6時間を超える場合は45分以上、8時間を超える場合は1時間以上を与えなければなりません。休日は毎週少なくとも1日、または4週間に4日以上の付与が義務づけられています。

これらを「守れているか」を確認できるのは、勤怠データが正確に記録されている場合に限られます。勤怠管理は法令遵守の証明手段でもあるのです。

客観的記録が原則｜自己申告制で必要になる追加対応

勤怠の記録方法についても、行政はガイドラインを示しています。厚生労働省のQ&Aでは、使用者が労働日ごとの始業・終業時刻を確認し記録すること、その方法として「使用者自らの現認」または「タイムカード・ICカード・PC使用時間等の客観的記録」を原則としています。

やむを得ず自己申告制で運用する場合には、追加の措置が求められます。具体的には、労働者や管理者に対して自己申告制の趣旨を十分に説明すること、自己申告の内容と実態に乖離がないか定期的に確認すること、乖離があれば補正を行うことなどが挙げられています。

「社員に任せているから大丈夫」では不十分であり、自己申告制をとる場合ほど、確認・補正の仕組みを制度として組み込む必要があります。

出典：労働時間の適正な把握方法について（厚生労働省Q&A）

勤怠記録の保存期間は「3年」と「5年」のどちらが正しいのか

勤怠記録の保存期間については、法令上やや複雑な状況になっています。

労働基準法第109条では、労働者名簿や賃金台帳などの重要書類の保存期間を「5年間」と定めています。しかし、改正に伴う経過措置として、当分の間は「3年間」と読み替える規定が設けられています（附則 第143条）。一方、労働安全衛生規則では、労働時間の状況を把握した記録について「3年間」の保存を求めています（安衛則 第52条の7の3）。

このように3年と5年が混在しているため、実務では「何を・何年・どこに・誰の責任で保存するか」を一覧表にして整理しておくことが重要です。「システムに入っているから大丈夫」と思い込んでいると、いざ監査や労基署の調査が入った際に、必要な記録が取り出せないという事態になりかねません。

出典：改正労働基準法等に関するQ&A（厚生労働省）

誰が何をやるのか｜部門別の役割をRACIで整理する

勤怠管理が「全社の仕事」だとしても、具体的に誰が何を担うかが決まっていなければ、結局は誰もやらない状態に陥ります。ステークホルダーごとの役割を実務レベルで整理し、RACI（責任分界表）まで落とし込むことが重要です。

経営層・人事労務・現場マネージャーそれぞれの責任範囲

勤怠管理において中心的な役割を担うのが、経営層・人事労務・現場マネージャーの3者です。それぞれの守備範囲を明確にすることが、運用を安定させる第一歩になります。

経営層（代表・役員・部門長クラス）

経営層の役割は、勤怠管理を「現場任せの事務作業」ではなく「会社の統制プロセス」として成立させることです。就業規則や勤怠ルールの最終承認、36協定の方針決定、承認責任者の指定、締め期限の設定とそれを守らない場合のエスカレーションルールの整備が含まれます。

締めの遅延や承認の停滞は、一見すると現場の問題に見えますが、実際には経営が期限と責任を設計していないことが原因であるケースが少なくありません。

人事・労務

人事・労務は、勤怠管理のプロセスオーナーです。打刻や申請の定義（始業・終業の扱い、直行直帰や在宅勤務の取り決め、丸め処理のルールなど）を文書化し、システム設定に反映させます。

日次・週次・月次の確認ポイントの設計、未承認や不備が発生した際のエスカレーション手順の整備、36協定の上限管理に基づくアラート運用、新入社員や管理職への教育も人事労務の領域です。

現場マネージャー

現場マネージャーは、勤怠データの品質を左右する一次承認者です。日々の打刻状況を確認し、不自然な勤務パターンや打刻漏れに対して早期に是正を促す役割を担います。申請の承認・差戻しにおいては、理由の妥当性を判断し、必要に応じて業務配分の調整も行います。

承認は「ハンコを押すだけの作業」ではなく、勤怠データの正確性を保証する行為だという認識が欠かせません。

社員・経理・総務・ITが担う支援領域

勤怠管理は経営層・人事労務・マネージャーだけで完結するものではありません。データの入口から出口まで、社員・経理・総務・ITの4部門がそれぞれの持ち場で支えています。

社員

社員はデータの一次作成者です。出退勤の打刻をルール通りに行い、休暇や残業、直行直帰などの例外が発生した場合は速やかに申請を出すことが求められます。打刻漏れや誤りがあった場合は理由を添えて自己修正し、申請期限を守ることで締め遅延の原因を作らないようにします。

経理

経理は、確定した勤怠データを給与計算・控除・原価計算へ正しくつなぐ「翻訳者」の役割を持っています。データに疑義があれば理由と履歴を残して差戻し、給与計算の締切から逆算して勤怠締めのスケジュール設計にも関わります。

総務

総務は、社内からの問い合わせ対応やルール周知の運用、紙やExcelの旧運用が残る場合の移行調整など、「現場と制度の隙間」を埋める存在です。拠点が複数ある企業では、運用の統一を推進する役割も重要になります。

IT

ITは、システムの権限設計（入力者と最終確定者を分離する職務分掌など）、変更履歴や承認履歴のログ保全、給与システムとの連携、バックアップや保存期間のポリシー策定を担います。勤怠システムが導入されていても、ITが関与しなければ「運用は回っているが監査には耐えられない」状態に陥りやすくなります。

勤怠管理タスク別のRACI表

ここまで整理してきた各部門の役割を、タスク単位で一覧にしたのが以下のRACI表です。

RACIとは、

• R（実行責任）
• A（最終責任）
• C（相談先）
• I（共有先）

の4つの役割でタスクごとの担当を明確にするフレームワークです。

以下の表は一般的な企業における役割配置の例です。実際の担当は企業規模や組織体制によって異なるため、自社の状況に合わせて読み替えてください。

タスク	経営	人事/労務	マネージャー	社員	総務	経理	IT
就業規則・勤怠ルールの策定	A	R	C	I	C	C	C
打刻方法・手段の設計	A	R	C	I	C	I	C
日々の打刻・申請	I	C	C	R	I	I	I
日次/週次の承認・差戻し	I	C	R	C	I	I	I
月次締め（未承認の回収・整合チェック）	I	R	C	C	C	C	I
36協定・上限管理	A	R	R	I	I	I	C
長時間労働の健康配慮	A	R	R	I	I	I	I
給与計算への反映	I	C	I	I	I	R	C
記録の保存・監査対応	A	R	I	I	C	C	R
教育・周知	I	R	C	I	C	I	C

この表を自社の組織構成に合わせて調整すれば、「結局だれがやるのか」を社内で合意するためのたたき台として活用できます。部門間で認識がずれている箇所が見つかれば、それ自体が運用改善の糸口になるはずです。

打刻から給与連携まで｜日次・週次・月次の連携フロー

勤怠管理がスムーズに回っている組織は、月末の締め作業に依存するのではなく、日々の運用の中でデータの精度を高めています。日次・週次・月次それぞれのタイミングで、誰が何をすべきかを押さえておくことが大切です。

日次・週次のこまめな確認が月末の混乱を防ぐ

日次で行うべきことはシンプルです。社員が出退勤を打刻し、例外があれば申請を出す。システム側で打刻漏れや乖離を自動検知できればベストですが、仕組みがなくてもマネージャーが日次、少なくとも週次で部下の勤怠状況を確認するだけで、月末の修正件数は大幅に減ります。

週次では、残業時間の推移に注目します。36協定の上限に近づいているメンバーがいないか、休憩を取れていない日が続いていないか、特定の人に休日出勤が偏っていないか。こうした兆候を早期に掴むことで、上限超過が発生する前に業務配分の見直しや休暇取得の促進といった手を打てるようになります。

運用のポイントは、「月末にまとめて直す」を明確に禁止することです。修正を溜め込む習慣ができてしまうと、締め作業が膨らみ、承認が滞留し、給与計算に影響が出るという悪循環に陥ります。

月次締めから給与連携・記録保存までの流れ

月次の締め作業は、人事労務が主導します。締め期限までに未承認の申請を回収し、必要に応じてマネージャーや部門長へエスカレーションします。その上で、休憩付与の適正性、休日の確保状況、時間外労働の上限との整合などを法令の観点からチェックします。

チェックが完了したデータは経理へ連携され、給与計算の基礎として確定します。疑義がある場合は経理から差戻しが入り、理由と修正履歴を残した上で再確定する流れです。

締めと同時に行うべきなのが、記録の保存です。打刻データ、申請・承認の履歴、変更履歴、締め確定データを所定の場所に保全し、IT部門が管理するバックアップやエクスポートの仕組みと連動させます。締めのたびに保存作業をセットで行う運用にしておけば、証跡の抜け漏れを防げます。

担当者別の運用チェックリスト

日次から月次まで、各タイミングで誰が何を確認すべきかをチェックリストにまとめました。自社の運用に合わせて項目を追加・調整し、抜け漏れ防止に活用してください。

日次チェック（理想は毎日、最低でも週次）

• 社員：出退勤の打刻を当日中に完了したか
• 社員：直行直帰・在宅勤務・残業などの例外が発生した場合、申請を提出したか
• マネージャー：極端な長時間勤務や休憩未取得の日がないか確認したか
• マネージャー：打刻漏れや不自然な打刻時刻がないか確認したか
• マネージャー：差戻しが必要な申請を放置していないか

週次チェック

• マネージャー：残業が増加傾向にあるメンバーを把握したか
• マネージャー：休憩未取得や休日出勤の偏りが発生していないか確認したか
• 人事労務：36協定の上限に近づいている社員を抽出したか
• マネージャー／人事労務：業務配分の調整や休暇取得の促進など、是正措置をとったか

月次チェック（締め時）※未払い・監査不備・保存漏れの防止が目的

• 人事労務：未承認の申請がゼロになっているか（SLA通りに回収できたか）
• 人事労務：休憩付与・休日確保・時間外労働の上限について法令との整合性チェックを完了したか
• 人事労務：36協定の上限を超過した社員がいないか最終確認したか
• 経理：給与連携前にデータの疑義を解消したか
• IT／人事労務：打刻データ・承認履歴・変更履歴・締め確定データを所定の場所に保存したか

勤怠管理でよくある失敗パターンと防ぎ方

制度やフローを整備していても、運用上のつまずきは発生します。現場で繰り返されやすい典型的な失敗パターンと、その防ぎ方を押さえておきましょう。

打刻漏れ・承認の滞留・残業の把握遅れにどう対処するか

勤怠管理が崩れる起点となるのは、日常のちょっとした「先送り」や「曖昧さ」です。代表的な3つの失敗パターンについて、原因と対処法を整理します。

打刻漏れの常態化

在宅勤務や直行直帰が増えた企業で特に目立つ問題です。原因の多くはルールの曖昧さにあります。「何をもって打刻とするか」を短く明文化し、打刻漏れが発生した場合は本人と上長に自動で通知が飛ぶ仕組みを入れることが有効です。加えて、週次で必ず是正し、放置しないことがポイントになります。

承認の滞留

締め遅延の最大の原因です。承認期限が設定されていない、代理承認のルールがない、マネージャーが承認業務を「ついでの作業」と捉えているといった状況が重なると、月末に未承認が大量に残ります。対策としては、承認SLA（たとえば「締め日の3営業日前まで」）を設定し、期限を過ぎたら自動リマインド、それでも対応がなければ人事労務から部門長へエスカレーションする流れを作ることが効果的です。

残業の把握遅れ

Excelや手集計に依存している企業で起きやすい課題です。月末に初めて残業時間の全体像が見える状態では、36協定の超過を防ぐ手立てがありません。週次でアラートを運用し、閾値に近づいたメンバーについては早めに業務量を調整する体制に転換する必要があります。

記録や証跡の不備で監査に詰まらないために必要な準備

「何を保存すべきか」が曖昧なままだと、監査や労基署の調査で必要な記録が提出できないリスクが生じます。保存すべき対象は、打刻データ、申請・承認の履歴、変更履歴（誰がいつ何を修正したか）、締め確定データの4つが基本です。

これらについて、保存場所・アクセス権限・保存期間・管理責任者を明確に定め、月次締めのタイミングで保存作業を必ず実施するルールを設けます。「システムに入っているから安心」という認識は危険であり、エクスポートやバックアップの手順まで含めて運用化しておくことが不可欠です。

厚生労働省が公表している監督指導結果でも、長時間労働が疑われる事業場への監督は毎年継続的に実施されており、労働時間の把握や記録の不備が指摘対象となり得ることが示されています。

出典：長時間労働が疑われる事業場に対する令和5年度の監督指導結果（厚生労働省）

勤怠管理を「担当者の作業」から「全社で回す仕組み」に変えるために

勤怠管理は、特定の担当者が頑張れば何とかなるものではありません。法的な責任は会社にあり、実務は複数の部門が連携して初めて成立するプロセスです。

本記事のポイントを改めて整理します。

• 勤怠管理の最終責任は会社（使用者）にあり、管理職も責任構造の一部となる
• 客観的記録の確保と、3年・5年の保存期間管理が求められる
• 経営・人事労務・マネージャー・社員・経理・総務・ITの役割をRACIで明確にする
• 日次・週次・月次の連携フローを設計し、月末集中型の運用から脱却する
• 打刻漏れ・承認滞留・証跡不備などには、SLAやアラートなど仕組みで対処する

経営が責任と期限を決め、人事労務が制度を設計し、マネージャーが品質を担保し、社員が正確にデータを作り、経理とITが確定と証跡を支える。この形に整えることで、勤怠管理は属人的な「作業」から、組織として機能する「統制プロセス」へと変わります。

自社の運用を見直す際には、まずRACIの整理と連携フローの設計から着手してみてください。

監修者名：社会保険労務士・行政書士オフィスウィング　板羽愛由実

無料トライアル・資料請求
お気軽にお申込み下さい。

使ってみて考える
30日間無料体験お申し込み まずは機能を知りたい
資料請求お申し込み

お電話でのお問い合わせ
03-3474-5201
受付時間／平日9：00〜18：00